1、本罪与非罪的界限构成本罪，必须是引起甲类传染病传播或者有传播的严重危险的行为。因此，认定本罪应当与一般违法行为区别开来。一般违法行为没有造成甲类传染病传播的结果，也不可能有甲类传染病传播的严重危险。对有违反传染病防治规定的一般行为，应由县级以上政府卫生行政部门责令限期改正，可以处以罚款；有造成传染病流行危险的，由卫生行政部门报请同级政府采取强制措施。
2、本罪与妨害国境卫生检疫罪的界限妨害国境卫生检疫罪是指违反国境卫生检疫规定，引起检疫传染病的传播，或者有引起检疫传染病传播的严重危险的行为。两罪存在一些相同之处，如都妨害了社会管理秩序，都可能引起某种严重危险，主体要件相同，在主观方面都表现为故意。但两者毕竟是不同的犯罪，主要区别在于：
（1）犯罪的直接客体不同。前者侵害的是国家关于传染病防治的管理秩序；而后者侵害的是国家国境卫生检疫的管理制度。
（2）客观要件不同。前者是违反了传染病防治法的有关规定的行为；而后者是违反了国境卫生检疫法的有关规定的行为。
（3）法律规定的具体对象不同。前者的行为引起的危险的对象是甲类传染病即指鼠疫、霍乱等；而后者行为引起的危险的对象是检疫传染病，包括鼠疫、霍乱、黄热病、天花、艾滋病等传染病，范围比甲类传染病广。
3、本罪与传播性病罪的区分传播性病罪，是指明知自己患有梅毒、淋病等严重性病而进行卖淫嫖娼的行为。妨害传染病防治罪与传播性病罪的主要区别在于：
（1）犯罪的主要客体不同。前者侵犯的主要客体是国家关于传染病防治的管理制度；后者侵犯的主要客体是社会的善良风尚。
（2）客观要件不同。首先，行为的违法性内容不同。前者违反的是传染病防治法的规定，后者则不仅违反了传染病防治法的规定，而且更主要地违反了《治安管理处罚条例》关于不得卖淫、嫖娼的规定。其次，是否需要以一定的危害结果为犯罪的必备构成要件不同。前者是结果犯，必须以引起甲类传染病传播或者引起其传播的严重危害的危害结果为必备构成要件；后者是行为犯，只要是明知自己患有严重性病而卖淫、嫖娼的，不管是否已引起性病传播或具有传播的危险均可构成该罪。
（3）主观要件不同。前者是出自过失，即行为人对引起甲类传染病的传播或者有传播的严重危险这一危害结果持过失的心理态度；后者是故意，严重性病患者卖淫、嫖娼的直接目的虽常常不是要将性病传染给他人，但其对于造成性病的传播或者传播的严重危险这一危害结果显然是明知并且希望或放任的。
（4）主体要件不同。前者是一般主体，既可以由自然人构成，也可由单位构成；后者是特殊主体，即只有患有梅毒、淋病等患严重性病的自然人方能成为其主体，单位不能构成该罪。
（5）两者传播的对象不同。前者传播的是鼠疫、霍乱等甲类传染病；后者则是梅毒、淋病等严重性病。
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